binder-protocol：协议编译、校验与阶段切片

目的

长篇散文协议没法直接驱动可审计的流程。本技能把人写的协议草稿编译成规范的 protocol.yaml（ProtocolSpec）：十个规范阶段逐一显式声明 inputs、allowed decisions、required outputs、hard rules、stop conditions，使每个阶段可寻址、可切片、可校验。编译产物是 replay、evaluate-agent、audit-ranking 共同依赖的"流程宪法"。

十个规范阶段（CANONICAL_STAGE_IDS）：

target_research → construct_selection → epitope_selection → method_allocation → candidate_generation → candidate_filtering → cofold_scoring → optimization → final_ranking → delivery

前置检查

1. 草稿 YAML 已存在（参考 fixtures/synthetic/protocol-draft.yaml 的 draft 形式：stages 为映射、无 schema_version）。
2. 若草稿引用 source_id，决定校验强度：传 --sources-dir sources/ 则检查 source-registered 规则；不传则跳过该规则（协议可以引用本检出中未登记的源，但跳过是显式的，不是静默猜测）。
3. 若有 source.lock.json，compile 时传 --lock 把 pinned revision 写进 protocol-source.json；没有 lock 时该字段为 null/unresolved——永不猜 revision。
4. 产物落盘：output/binder-protocol/<slug>/<timestamp>/。

1 · 编译（compile）

openbinder protocol compile <draft.yaml> --out output/binder-protocol/<slug>/<timestamp>/ \
  [--sources-dir sources/] [--lock source.lock.json]

产出三个文件并登记 provenance：

• protocol.yaml — 规范 ProtocolSpec（draft 的 stages 映射被归一化为有序列表）；
• Markdown 报告 — 编译过程与全部校验发现；
• protocol-source.json — 源引用（locked revision 或 null/unresolved）。

有任何 error 级校验发现时 compile 失败：exit 2，产物照常写出供排查，状态标注 failed。

2 · 校验（validate）

openbinder protocol validate <protocol.yaml> [--sources-dir sources/]

• 除 schema 形状外检查域规则：阶段覆盖与顺序、stage_id 唯一、每阶段完整性（inputs/outputs/hard rules 等）、cofold_scoring/final_ranking/delivery 三个产出结论的阶段必须声明结果报告方式（防止预测被写成测量）；
• 每条发现打印 [error|warn] rule (stage)；存在 error 时 exit 2，仅有 warn 时 exit 0 但必须把 warn 原样转述给用户确认是有意为之。

3 · 阶段切片（show --stage）

openbinder protocol show <protocol.yaml> --stage cofold_scoring

• 输出该阶段的紧凑 JSON 切片：阶段定义 + 全局规则 + 前序阶段产出；ranking_rules 只对 final_ranking/optimization 两个排序相关阶段附带。
• 这是给模型/计划用的唯一正确上下文形式：不要把整份 protocol 喂给每次调用。规划型 agent（binder-planner）做计划时只能用 stage slice。

4 · 阶段门禁

"protocol compiled" 是五个人工 stage gate 之一：编译与校验通过后，把 protocol.yaml、报告、protocol-source.json 的路径与 warn 清单提交 stage-gate 审批，用户 approve 后才进入 replay/eval 阶段。revise 时归档旧产物、带着意见重跑，不覆盖。stage-gate 技能来自 openscience 插件；未安装 openscience 时，直接向用户呈现产物与 warn 清单、等用户口头 approve / revise / reject 即可，其余流程不变。

输出模板

## 协议编译/校验结果：<protocol_id>

- 产物：`protocol.yaml` / 编译报告 / `protocol-source.json` 的路径
- 阶段数与覆盖：<N 阶段，是否覆盖十个规范阶段>
- 校验发现：<逐条 [error|warn]，无则写"no issues">
- 源引用：<locked revision 或 unresolved>
- 待审批：是 / 否（stage gate 状态）

本技能不做什么

• 不发明协议内容：编译是结构化与校验，不替作者补写科学决策；草稿缺什么就如实报 error。
• 不猜 revision：没有 lock 时 protocol-source.json 写 null/unresolved。
• 不跳过 stage gate：编译通过 ≠ 可以直接进入下一步，审批权在用户。
• 不把 warn 当 ok：warn 必须逐条向用户披露。

收尾与下一步

• 报告编译状态与全部发现，提交 stage-gate 等待 approve / revise / reject。
• approve 后：下一步通常是 binder-replay（回放已记录的 campaign）或 binder-agent-eval（用 stage slice 驱动决策评测）。